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本課程之目的在介紹應用電腦來處理生物學研究的基本過程。人類DNA序列大約是由三十億個鹼基(A,
T, C, G)所組成的，如何將這些序列完成排序便是一大工程了。而這只是一個開端而已，隨之而來的是更大量的分析資料。因此，如果沒有藉由電腦的輔助，這麼大量的資訊就如同一本沒有按姓名筆劃排列的電話號碼簿一般，是一點價值都沒有的。課程之重點是有關如何儲存、管理、傳輸、進而分析生物相關的大量資訊，可概略分為基因組序列分析、基因預測、蛋白質多重序列分析、蛋白質結構的預測與搜尋蛋白質的同源性等。它是一個跨越了極為不同種類的研究領域，結合了生命科學，生物統計學及電腦科學所創造出的一門新學問。這種大量資訊之應用的範例亦將推廣到日後人文、社會、自然及工程領域。 |
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課程概論︰
Bioinformatics 2_001_20020220 |
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| 課程內容︰ |
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| Chapter
1：Molecular
Biology Review(一) |
Bioinformatics 2_002_MB1 |
| Chapter
2：Molecular
Biology Review(二) |
Bioinformatics 2_003_MB2 |
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Chapter
3：Molecular
Biology Review(三) |
Bioinformatics 2_004_MB3 |
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Chapter 4：Neuroscience
(一) |
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Chapter 5：Neuroscience
(二) |
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Chapter 6：Neuroscience
(三) |
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| 參考資料︰ |
生物資訊淘金熱 |
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About RNA polymerase II |
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生命始於礦石 |
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鵝卵石 |
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核酸傳奇 |
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生命的起源 |
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Structure of Life |
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Overview of Protein
Structure |
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生物資訊學於生物科技中所扮演的角色 |
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基因工程_廿一世紀的新科學園地 |
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NeuroScience
Web Site |
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bioinformatics 001-Protein
information resource |
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bioinformatics 002-Protein
information resource Summary |
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bioinformatics 003-Genome
information resource |
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bioinformatics 004-Genetics
Computer Group |
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bioinformatics 005-Building
a sequence search protocol |
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| 相關網站︰
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| Molecular
Biology |
| 1.
Genetic Science Learning Center http://gslc.genetics.utah.edu/ |
| 2.
Biotech http://biotech.icmb.utexas.edu/ |
| 3.
NCBI genetic review http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Class/MLACourse/Genetics/index.html |
| 4.
Beginner’s guide to MB http://www.res.bbsrc.ac.uk/molbio/guide/index.html |
| 5.
http://www.nhgri.nih.gov/educationkit/download.html |
|
6.
http://pcroom75.ibt.nctu.edu.tw/~jkhwang/bio-all |
|
7.
Cell and Molecular Biology Online
http://www.cellbio.com/ |
| DNA DataBase |
| 1.
GenBank (NCBI) - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ |
| 2.
DNA Data Bank of Japan (DDBJ)
- http://www.ddbj.nig.ac.jp/ |
| 3.
EMBL Nucleotide Sequence Database (EBI)
- http://www.ebi.ac.uk/embl/ |
| Protein DataBase |
| 1.
Protein Data Bank (RCSB) - http://www.rcsb.org/pdb/ |
| 2.
ExPASy Molecular Biology Server http://www.expasy.ch/ |
|
3.
SCOP - Structural
Classification
Of
Proteins
- http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/index.html |
|
Others |
|
1.
Gene Therapy
http://www.ornl.gov/hgmis/medicine/genetherapy.html |
|
2.
GENOMICS & BIOINFORMATICS 2001
http://bioinfo.mbb.yale.edu/mbb452a/2001/ |
|
3.
NIGMS - National
Institute
of
General
Medical
Sciences
http://www.nigms.nih.gov/ |
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| 授課老師：工程科學系
黃吉川
教授 |
| 修課年級：大四研所合班 |
| 開課時間：90年度第二學期
每週四第8節
和
每週五3~4節 |
| 開課地點：工科系
教室41104與PC教室 |
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| 主要參考書籍： |
| 書目： |
| 1.
Jerome K. Percus, Mathematics of Genome Analysis, Cambridge Unive |
| 2.
Teresa
K. Attwood & David J. Parry-Smith, Introduction to bioinformatics,
Prentics Hall, 1999.rsity
Press, 2002 |
| 3.
Baxevanis, Andreas D, Ouellette, B. F. Francis, Bioformatics : a practical
guide to the analysis of genes and proteins ,
John
Wileyin, 1998. |
| 4.M.
J., San Diego, Guide to human genome computing
Bishop,
Calif. : Academic Press, 1998. |
| 5.Stephen,
Krawetz, Stephen A, Totowa, Bioinformatics methods and protocols Misener,
N.J. : Humana Press, 2000. |
| 6.
C.H. Wu, J.W. McLarty, Neural
Networks and Genome Informatics,
ELSEVIER,
2001. |
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